Fließgewässer-Zonierung
Fließgewässer lassen sich von Quellbach bis zur Mündung in sogenannte Fischregionen gliedern. Fische eignen sich aufgrund ihrer spezifischen Ansprüche an Temperatur, Sauerstoffgehalt, Fließgeschwindigkeit und Beschaffenheit des Gewässeruntergrundes sehr gut, verschiedene Fließgewässerzonen zu charakterisieren.
Die meisten Bäche des Bayer. Waldes lassen sich der Forellen- oder Äschenregion zuordnen. In der Forellenregion ist die Fließgeschwindigkeit aufgrund des meist großen Gefälles hoch und turbulent und das Wasser in unbelasteten Bächen mit Sauerstoff gesättigt
Der Schwarze Regen im Stadtgebiet von Regen wäre natürlicherweise der „Äschenregion“ zuzuordnen. Diese Einordnung ist aber nicht mehr zutreffend, da es jetzt zahlreiche Stauhaltungen gibt. Hier fließt der Regen deutlich langsamer und kommt im Bereich der Wehre sogar zum Stillstand.

Bedeutung natürlicher Uferbereiche
Die Begleitvegetation eines Gewässers ändert sich von der Quelle bis zur Mündung deutlich.
Sind es am Oberlauf noch von der Fichte dominierte Waldbestände, vereinzelt von Bergahorn und Esche durchsetzt, so wechseln im weiteren Verlauf Bruchwälder aus Schwarzerle, Grauerle und verschiedenen Weidearten mit extensiv bewirtschafteten, landwirtschaftlichen Feuchtwiesen ab, auf denen Ried- und Sauergräser und vereinzelt seltene Orchideen wachsen. In intakten Ufer- und Auebereichen begleiten auch Hochstaudenfluren mit Arten wie Mädesüß, Pestwurz und Sumpfschwertlilie die Fließgewässer. Die natürliche Vegetation wurde oft durch reine Fichtenaufforstung verdrängt. Die Fichten unterliegen in den Talbereichen aber häufiger Windwürfen und neigen vor allem in der ersten Bestandsgeneration im Alter von etwa 60 Jahren zu erhöhter Rotfäule.

Gefährdung des Gewässerökosystems
Viele Bäche und Flüsse werden oft einseitig zugunsten des wirtschaftenden Menschen ausgebeutet. Durch intensive Landwirtschaft bis unmittelbar an den Gewässerrand gelangen mineralische und organische Düngemittel in die Gewässersysteme. Nährstoffanreicherungen wirken über verstärktes Algenwachstum und nachfolgende Sauerstoffzehrung ebenfalls negativ.
In diesem Jahrhundert wurden v.a. viele kleinere Gewässer kanalisiert oder verrohrt. Wenn Ufer und Gewässergrund befestigt werden, reduziert sich das Nahrungsangebot für Kleinlebewesen und Fische, aber auch Versteckmöglichkeiten verschwinden, die Selbstreinigungskraft sinkt, die Hochwassergefahr steigt. Mit zunehmender Industrialisierung erhöhte sich der Eintrag von Schadstoffen und ungeklärten Abwässern aus Industrie und Haushalten, sowie über die Luft durch den sauren Regen. Die Wasserqualität verschlechterte sich dadurch erheblich. Viele Tier- und Pflanzenarten verschwanden aus den Gewässern, weil ihnen die Lebensgrundlage entzogen wurde. Vor allem die Oberfläche der Bäche ein höheren Lagen sind durch die starke Versauerung vielfach ohne Leben. Wenn Fischnährtiere fehlen, wandern Fische ab. Dadurch haben auch Tierarten wie der Fischotter keine Nahrungsgrundlage.
Auch Stauanlagen wirken sich auf Gewässerabschnitte negativ aus. Selbst wenn kleine Flächen überstaut werden, erhöht sich die Wassertemperatur im Stauraum und in den nachfolgenden Gewässerabschnitten. Der Sauerstoffgehalt des Wassers nimmt in diesem Zusammenhang ab, damit wird sehr vielen Organismen die Lebensgrundlage entzogen. Dies führt zu einen Artenrückgang auf etwa ein Drittel. Die Unterbrechung eines natürlichen Flusslaufes stellt einen gravierenden Eingriff dar. Falls größere Wassermengen zum Betrieb von Mühlrädern oder Turbinen ausgeleitet werden, muss eine ausreichende Restwassermenge v.a. in den trockenen Monaten im Gewässerbett verbleiben, um das Überleben von Fischnährtieren und Fischen zu ermöglichen. Gerade Kleinkraftwerkanlagen bewirken oft große ökologische Schäden, während der Beitrag zur regenerativen Energieerzeugung, die ohne Zweifel gewünscht wird, verschwindend gering ist.

Seit dem 14. Jahrhundert wurden Bäche im Bayerischen Wald für die Holztrift genutzt. Vielfach wurden sie ausgebaut und begradigt. Die Ufer wurden mit Steinen und Holz befestigt, um Holz auf dem Wasserwege zur Donau transportieren zu können. Dies stellte schwerwiegende Eingriffe in das Ökosystem der Bäche dar.

Übermäßige Freizeitaktivitäten im und am Gewässer können in der Summe negative Wirkungen auf die Naturlebensräume zeigen. Übermäßige Fütterung von Wasservögeln trägt zur Verschlechterung der Gewässergüte bei.